Vodný hrad v Malinove sa spomína už v roku 1209. Je to zároveň prvá písomná zmienka o obci Malinovo (vtedy Ybreharth).
Od 13. storočia patril grófom zo Sv. Jura a Pezinka ako súčasť neskoršieho svätojurského panstva. Neskôr prišlo k deleniu na malinovské (eberhardské) a svätojurské panstvo. Podľa niektorých zdrojov vzniklo samostatné malinovské panstvo v 17. storočí, možno však nájsť aj skorší údaj a to 15. storočie. Podľa listiny z roku 1412, ktorá vznikla pri príležitosti delenia majetku, mal vodný hrad tri veže a viacero budov. V 17. storočí však už bolo samostatné malinovské panstvo, ktoré za čas patrilo arcibiskupovi Szelepcsényimu a neskôr viacerým známym západoslovenským feudálnym rodinám (Apponyi, Balassa, Jeszenák, Illesházy).
V poslednej tretine 17. storočia (1677 - 1680) sa arcibiskup Szelepcsényi podujal na základnú prestavbu vodného hradu. Prestavbou vznikol renesančný kaštieľ, podobne ako hrad, obkolesený vodnou priekopou, ktorej časti sa zachovali až dodnes. V tomto období (1677) bola pristavaná k objektu kaplnka. Koncom 18. a v 19. storočí patrilo malinovské panstvo Apponyiovcom, ktorý kaštieľ v prvej polovici 19. storočia klasicisticky upravili, vrátane pristavanej kaplnky. Touto prestavbou získal kaštieľ svoju súčasnú podobu.