Už pred rokom 1271 stál v Pezinku hrad, ktorý sa podobne ako okolité hrady (Plavecký, Stupavský) stal terčom útokov českého kráľa Přemysla Otakara II. Avšak najstaršie časti dnešného hradu pochádzajú až zo začiatku 14. storočia. Pravdepodobne po nájazdoch Přemysla Otakara grófi zo Svätého Jura a Pezinka hrad znovu vybudovali ako vodný hrad. Vďaka sporom pri delení mesta Pezinok medzi grófom Jurajom Svätojurským a jeho bratom Mikulášom, ktoré trvali od roku 1401 až do roku 1429, sa zachoval opis jednotlivých častí hradu: Areál hradu obklopoval dvojitý múr; vonkajší múr (parkan) mal bránu, nad ktorou bola veža. Vnútornú časť kruhovitého pôdorysu vypĺňala veža a obytné budovy. Uzatváral ju obranný múr a do jeho brány sa vstupovalo cez most ponad priekopu.
V roku 1575 sa hrad dostal do zálohu cisárskemu vojenskému veliteľovi Jánovi Krušicovi, ktorý mal v zálohu aj neďaleký hrad Biely Kameň. Začali sa opravné práce, ktoré vyvrcholili v roku 1609 prebudovaním hradu na renesančné panské sídlo. Rozšírili a upravili obytné a hospodárske budovy. Vtedajšími majiteľmi boli Illésházyovci.
Počas 17. storočia hrad pustol, až v roku 1718 ho dal barokovo upraviť nový majiteľ Ján Pálffy. Táto prestavba zmenila hrad na kruhovo uzavretý zámok (kaštieľ), ktorý stratil svoj pevnostný charakter. Areál hradu je zachytený na pláne Pezinka z roku 1785. V 19. storočí Pálffyovci uskutočnili dve úpravy - v roku 1844 a najmä po roku 1875, keď časť hradu úplne prestavali na romantickú stavbu. V roku 1938 bol zámok adaptovaný na nové využitie.