Roku 1543 sa Turkom podarilo dobyť Ostrihom a následne obsadiť aj Kakath, osadu ležiacu na mieste dnešného Štúrova. Pre strategický význam tohto miesta Turci vybudovali západnejšie od zničeného Kakathu silné predmostie. V liste arcibiskupa Pavla Váradyho (1526-1549) sa píše o "novej pevnosti (castellum), ktorá má byť postavená oproti Ostrihomu". Turci pevnosť nazvali "Džigerdelen Parkani", t.j. "pevnosť zarývajúca sa do pečene nepriateľa". Posádku parkanskej pevnosti v 16. storočí tvorilo okolo 200 vojakov, spolu s Ostrihomom okolo 1300 vojakov. Boli tu umiestnené aj delá a časom postavená modlitebňa (džámi). Ostrihom a Parkan sa stali jedným z oporných bodov tureckých lúpežných nájazdov a snáh o získanie nových území.
Roku 1594 sa pokúsilo cisárske vojsko dobyť od Turkov Ostrihom a Parkan, ale výprava grófa Mikuláša Pálffyho a arcikniežata Jozefa skončila neúspechom.
V nasledujúcom roku generáli Mansfeld a Pálffy už boli úspešní, ale Parkan bol celkom rozrumený. Vzápätí ho dal Pálffy obnoviť. No v roku 1605, na konci päťročnej vojny, paša Ali obe pevnosti dobyl opäť pre Turkov a cisárske vojská odtiaľ odtiahli. Po uzavretí Žitavského mieru v roku 1606 sa Parkan znovu ocitol v rukách Turkov. Túto skutočnosť potvrdil aj mier podpísaný medzi bojujúcimi stranami 26. mája 1625 pri Kamennom Moste.
Roku 1661 sa Adam Forgách pokúsil dobyť Parkan. Jeho vojsko však nebolo jednotné a tak sa operácia nevydarila. Ani počas tureckej výpravy v roku 1663 nemal Forgách viac štastia, Turci pri Parkane jeho vojsko obkľúčili a spôsobili mu značné straty.
Po oslobodení Nitry a Levíc generál Luis Rattuit de Souches tiahol na Parkan. Turci, vidiac nezmyselnosť odporu, stiahli sa do Ostrihomu. Delostrelectvo de Souchesa Parkan takmer úplne zničilo.
Po oslobodení Viedne vojskami poľského kráľa Jána Sobieskeho, kresťanské vojská prenasledovali ustupujúce turecké vojská až k Parkanu, ku ktorému sa priblížili 7. októbra 1683. Sobieskeho jednotky tvorili predvoj armády, a napriek zákazu hlavného velenia podnikli samostatnú akciu. Dostali sa do Tureckej pasce a 1500 ich bolo pobitých. 9. októbra zaútočili cisárske a poľské vojská na Parkan. Turecká armáda rátala s podporou Thökölyho kurucov, ale ten sa nedostavil včas, lebo toto spojenectvo mu už nebolo vhodné. Spojenecké vojská pod vedením Karola Lothrinského Turkov pri Parkane porazili a týmto víťazstvom sa začalo ich vytláčanie z Uhorska.