Koncom 13. storočia dal na mieste zaniknutého staroslovanského hradiska prívrženec Matúša Čáka Trenčianskeho, magister Aba Veľký postaviť hrad. Strážil cestu vedúcu cez hrebeň Malých Karpát, ktorá vychádzala z Dechtíc, prechádzala cez Dobrú Vodu a horským priesmykom ďalej na západ. Hrad tvorila podlhovastá stavba s palácom po oboch stranách s hranolovými vežami. K palácu sa pripájala ďalšia časť, zakončená kaplnkou na skalnom výbežku. Na niekoľko mesiacov sa stal majiteľom Matúš Čák Trenčiansky, avšak o niekoľko mesiacov zomrel na Trenčianskom hrade, a hrad sa stal kráľovským majetkom. Z tohto obdobia pochádza prvá písomná zmienka o hrade. Podľa listiny z roku 1316 bol kastelánom temešský župan Mikuláš Trentul.
Koncom 14. storočia (1394) daroval kráľ Žigmund hrad i s panstvom sedmohradskému vojvodovi Stiborovi zo Stiboríc. Podľa listiny nitrianskej kapituly patrilo k hradu 10 dedín. Hrad rozšíril a dobre vyzbrojil. V opevňovacích plánoch sa prvýkrát objavuje názov hradu "Bona Aqua", čiže Dobrá Voda, podľa výdatného zdroja pitnej vody v podhradí. Vojvoda zanechal syna Stibora II., ktorý zdedil otcove majetky vrátane hradu. Avšak zomrel bez potomkov a Dobrá Voda sa stala opäť kráľovským majetkom.
V roku 1436 kráľ Žigmund daroval Dobrú Vodu svojmu pokladníkovi Michalovi Országhovi. Tento rod vlastnil hrad 130 rokov. Vybudovali prvé predhradie s rozšíreným opevnením, takže vstup na horný hrad chránila cesta s tromi serpentínami, z ktorých každá mala svoj vlastný obranný múr. V tomto období mal hrad dobré hospodárske zázemie, listinné správy spomínajú aj vlastný mlyn. V roku 1567 zomrel posledný mužský potomok a hrad pripadol opäť kráľovi.
Už v roku 1583 Rudolf II. predal Dobrú Vodu chorvátskemu bánovi Krištofovi Ungnadovi a jeho potomkom za 70 000 zlatých. Po Krištofovi Ungnadovi zdedila hrad jeho dcéra Anna Maria, ktorá sa vydala za Tomáša Erdödyho, popredného protitureckého bojovníka. Syn Tomáša Erdödyho Krištof bol naklonený františkánskemu rádu a dal v roku 1618 postaviť neďaleko Dobrej Vody nad obcou Naháč kláštor sv. Kataríny. Za Erdödyovcov hrad ako panské sídlo pomaly strácal význam a začal výrazne pustnúť. Podľa úradnej prehliadky z roku 1656 bol hrad vo veľmi zlom stave a väčšina výzbroje nefunkčná. Zväčša ho spravovali iba panskí úradníci. Majetkové spory a neudržiavanie hradu spôsobilo jeho postupný zánik, ktorý v roku 1762 dovŕšil požiar po údere blesku. V roku 1767 prevzal Dobrú Vodu Jozef Erdödy. Hrad bol už skoro neobývaný, bol tu len kastelán a niekoľko hajdúchov, slúžil ako väzenie pre poddaných. V roku 1855 sa stal majiteľom hradu a panstva gróf Jozef Pálffy. Pálffyovci vlastnili Dobrú vodu až do polovice 20. storočia ale o hrad sa už nestarali.